周懋琦祖籍錢塘縣人，最初於嘉慶十八年之際，便有奉派來臺的紀錄，當時候更全面測繪編纂《臺灣府輿圖圖說》；而到了道光十五年間更再度奉派上任，在台灣文獻叢刊《使琉球王國記》之中，重新二度測繪臺灣府輿圖之外，更主要的任務是負責該年度『北路開山撫番事務』，也就是我們現今所熟知「草嶺古道」。
在此之際次要原因，據文獻記載是日本意圖佔領台灣府轄下島嶼之中，隸屬於雞籠廳的『中山子嶼、外木山嶼、雞籠嶼、黃尾嶼、赤尾嶼、棉花嶼、釣魚臺、旗竿嶼』，以及葛瑪蘭廳轄下的『龜山島、與那國島、宮古嶼、石垣嶼』，確認釣魚台列嶼及葛瑪蘭廳外海的龜山島、與那國島、宮古嶼、石垣嶼為臺灣所轄有之事為無庸置疑。
此外於現今臺南市大觀音亭尚存有『以祈甘雨』匾額一面，但是在臺灣其他地方更多與周懋琦相關的文物現今以當時的『北路理蕃道路─草嶺古道、合歡越嶺古道』等附近縣市，如：宜蘭縣、花蓮縣境內所存更多相關事蹟、文物。
當時由臺灣道與臺灣府知事周懋琦來臺籌辦臺灣海防防務，以及面對鴉片戰爭之後對於原住民外國人士一再主張部署大清帝國所轄；但此時尚未引發更大爭議，到了清同治元年(1862~1866年)之際授命來臺擔任臺灣府知事，戴潮春事件已有蘊釀爆發的徵兆，而當時同治元年元月周懋琦再度奉派來臺攝理政務，但是因為前任知府所留下的爛攤子，加上此時周懋琦可說是第三度來臺，到了四年任滿之後便又調回清朝福建一帶。但在此之際，討伐戴潮春等民亂之際，其中斗六門社口為當時清帝國副將王國忠鎮守現今斗六市社口里蕃社口，這也就是為何現在斗六市社口公墓會被認為亂葬崗之故。
此外，石榴班張竅嘴、張光毅、朴鼎金、宋田市等人之地，以及他裏霧二重溝(註：現今雲林縣大埤鄉二重溝) 於奏摺之中總一再被認為是賊窟之所在。
其中位於斗六市社口里公墓前方最重要者，是現今於其附近的『靖安寺』和北港鎮的『義民廟』一樣埋葬者皆為乾隆年林爽文事件與同治年戴萬生事件的官兵和義軍骨骸。
但是，當我們看看新竹義民廟、彰化市義民廟、北港義民廟被列古蹟受保護與重視之時，反觀斗六市靖安寺，以及『戴潮春事件』爆發之際多數來自福州的官兵和臺灣各地的民兵配合作戰所留存至今的『福州公廟』與『靖安寺』卻沒有受到同等的對待，這擺明可顯見的號稱民主社會的地方首長，卻比我們刻版印象所批判中國歷代皇帝的專制皇權；那麼簡直比清領時期臺灣道姚瑩、丁曰健、夏獻綸，和與之同時的斷斷續續三次擔任臺灣府知事共十二年之久的周懋琦還無能與昏庸。
但是我們卻看到雲林縣號稱首善之區的斗六市民連最基本的歷史文化都不懂，還想跟人家談什麼國際交流、世界觀，簡直可笑至極；甚至雲林縣政府竟然將八百多副被認定為無主骨骸在整理期間暫時奉於八德里公墓納骨塔，勉強人們還能接受，但是竟然在社口公墓整理好之後卻不打算將此八百多副被認定無主的清朝時期的官兵、義民的骨骸回歸社口公墓的『百姓公祠暨靖安寺』，竟然還打算另外花錢在海豐崙八德里公墓另外蓋萬善祠，簡直不倫不類到極點。
直到同治十二年(1872~1876年)再度上任台灣府知事，此時雖然戴潮春事件已遭平定，但是許多重要建設遭到焚庄燬城，不得不進行相關復建工作，但是此時的周懋琦身體已經有所微恙，於是當時在1872至1876年到任臺灣之際，前往現今臺灣府衙署及其旁的府城隍廟告任，帶著抱病之軀前往臺灣府所在『興濟宮』，主祀保生大帝的廟宇，並祝禱祈求身體安康，爾後任滿返京覆命之後，上奏誥封臺彎府『頂大道公廟─興濟宮』列為官方春秋祀典，『興濟宮』保生大帝廟；之後特於光緒八年(1882年)與當時的道臺巡撫欽差大臣沈葆楨來臺，並同時頒誥柱聯一對『秉筆陋元臣醫藥神靈宋史漏收方伎傳神生於宋太平興國四年姓吳與龍圖閣待制番陽熊伯通仝名泉之同安白礁人 也生卒年月事蹟具詳泉州府志臺灣故毗舍耶海島康熙廿三年始歸奉版圖炎 荒瘴毒療治維艱紳民諗神以醫藥活人謹建廟塑像奉香火設蛟籤慈濟昭顯蓋 者英惠百數年矣』(上聯)『熙朝修祀典馨香朔望清時合祭觀音亭
－－－同光戌亥間有開山撫番之役降瘥竭誠祈禱請疫不為厲所謂功德在民者詳奉 欽差撫部批飭地官朔望拈香春秋致祭以答 鴻庥麻用申寅敬順輿情焉壬午春月福建前署臺灣兵備道提督學政臺灣府知 府錢塘周懋琦薰沐拜讚並書于福海春長署齋』(下聯)。
那麼為何又說周懋琦和雲林縣土庫順天宮、斗六市、麥寮媽祖、西螺兩間媽祖廟有關，以及林內鄉一帶有關祭祀鄭成功的廟宇；主要關鍵點在於同治二年所爆發的『戴潮春事件』，當時將塗褲街遭到攻陷，文獻載錄曰『似有神禱，街民躲於廟宇者未有被賊所傷。』至於塗褲街另外一群響應戴逆之輩，如嚴辦、陳大憨、洪欉等，後來遭到以大坵田東堡轄下的下潮陽莊陳氏家族為主力之陳必湖、陳澄清兄弟，所幫辦的地方義勇團練所剿。另外於斗六門者，死傷慘重，戰於南門、北門以及社口、石榴班、海豐崙者，起兵響應戴逆者有石榴班張竅嘴、張光毅、林日晟(林憨晟)，爾後遭到斗六大街居民團結起來抵抗，至於清官方最初林文察尚未支援之際，馬步衢、方振聲、陳玉威也因此陣亡，爾後入祀清政府北京昭忠祠之外，另外更於當時斗六堡興建「昭忠祠」用以祭祀。
相關資料相當的多，但沒想到以前對於有關為何土庫順天宮媽祖廟的修建石碑刻著咸豐、同治兩個不同時期的年號的猜測，解不開的謎，竟然會與當時臺灣府知事周懋琦有所相關。
相關資料：臺灣文獻叢刊
檢索條件: 周懋琦, 找到 69 段
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